Q1: Atera 和 Visium HD / Stereo-seq 都是全转录组，我该怎么选？

客户原声：“这三个都能测空间全转录组，我到底该选哪个？”

A: 奥智的分析：

这个问题我们被问得最多，也是误解最深的一个。

很多人以为，成像方法（Atera）的优势是分辨率更高。但事实上，Stereo-seq 的分辨率已经做到了 500 nm，达到单细胞级别。所以分辨率并不是真正的分水岭。

真正的核心差异，藏在另一个指标里：单细胞水平的基因检出灵敏度。

我们来看一组数据：

为什么会有这样的差距？

测序方法（Visium HD / Stereo-seq）的本质是：组织细胞中的RNA释放后被芯片上的条形码结合捕获后，通过测序来读取。这个过程受限于捕获效率、文库多样性、测序成本等因素，每个细胞能检出的基因数天然低于scRNA-seq，通常在 100-300 个基因。

100-300 个基因能做什么？勉强能区分主要的细胞类型（T 细胞 vs B 细胞 vs 巨噬细胞）。但如果你想做更精细的事——比如鉴定一群稀有的干细胞亚群、追踪一个细胞从静息到激活的过渡状态、或者发现一种从未被报道的细胞类型——100-300 个基因远远不够。

而成像方法（Atera）走的是另一条路：通过多轮探针杂交和信号放大检测每个细胞内的RNA。没有文库复杂度瓶颈，没有测序饱和度限制。结果是：每个细胞可以检出 1,000-3,000 个基因，这个量级已经接近单细胞转录组测序（scRNA-seq）的水平。

这才是 Atera 真正的核心价值：它不是“高分辨率的空间转录组”，它是“真正的空间单细胞转录组”。

以上两类工具各有用途，但如果你需要回答的问题是“在空间水平上，这群稀有细胞到底是什么状态，它们和周围的细胞怎么对话”，那么只有 Atera 能给你答案。

奥智的结论：

选平台不是选分辨率，而是选基因检出能力是否足够回答你的科学问题。

如果你的目标是“知道组织里有哪些主要的细胞类型”，Visium HD 或 Stereo-seq 够用。

如果你的目标是“发现新的细胞亚群、研究细胞状态转换、追踪稀有细胞的空间互作”，你需要的是 Atera——真正的空间单细胞转录组。

奥智三个平台都有，我们会根据你的研究深度需求来推荐，不硬推贵的，只推对的。

Q2: 我到底该不该等 Atera？还是趁现在上 Xenium 5K？

客户原声： “我确定要做原位空间组学了。Xenium 5K 有 5,000 个基因，覆盖度已经不低了，而且现在就能做。Atera 听起来更好，但又要等。我该怎么选？”

A: 奥智的回答：

虽然官方口径是“Xenium 和 Atera 互补共存，各有优势，按需选择”。但我们不打算这么讲。

真实的情况是：从基因覆盖、单玻片面积、通量、拼片后单位成本四个硬指标来看，Atera 对 Xenium 5K 是全面的代际压制。 所谓“互补共存”，更多是产品换代期的官方过渡说辞。Xenium 本身取代了早期的空间组学方案一样——代际更替只是时间问题。

我们一个一个看：

第一，基因覆盖

Xenium 5K 是 5,000 个基因，听着不少。但它是靶向 Panel——这 5,000 个基因是 10x 按“通用免疫肿瘤”挑好的，你课题里真正关心的低丰度转录因子、趋化因子、lncRNA、或者某个罕见亚型的特异性marker，很可能不在里面。Atera 是 18,000 个基因的全转录组——你不需要猜 Panel 里有没有，它全在。

第二，单玻片面积和成本

Xenium 单张玻片 2.36 cm²，Atera 单张 5 cm²，Atera 单玻片面积是 Xenium 的2倍多。而且Xenium采用的专用玻片，而Atera使用普通标玻片，拼片操作上更灵活。 

很多人直觉上觉得“Xenium 基因少，应该更便宜”。但算上面积账就不一样了。在奥智的拼片模式下，Atera 的单位面积成本反而可能低于 Xenium 5K，但基因多了2倍+（18,000 vs 5,000）。这笔账不难算——Atera是“加量不加价”。

第三，定制灵活性

Xenium 5K 只能加 100 个定制基因，Atera 可以加 1,000 个（如果定制三套探针panel，可以叠加到3000个基因）。如果你需要关注某个特定的通路或病原体序列，Atera 给你留的空间大得多。

那 Xenium 5K 还剩什么？实事求是地说，Xenium 5K 有两个极窄的 niche 场景仍然有价值：

（1）小样本定制靶标验证：如果你就是要验几个已知的低表达基因（比如某个转录因子），且样本少但无法拼片（因为每个客户需求不同）、单独跑，Xenium 的靶向探针信号噪声比确实更高，且起订量更低。

（2）存量项目延续：已经用 Xenium 跑了 pilot 数据、建好了分析流程的课题组，继续用 Xenium 完成后续样本是合理的——没必要中途换平台。

除此之外——新项目、新课题、新样本——我们没有理由再推荐 Xenium 5K。

奥智的结论：

新启动的项目，建议直接上 Atera。 不管你的目标是已知基因验证、无偏发现、大队列筛查、还是 TMA 拼片——Atera 在基因覆盖、单位面积成本、通量和未来扩展性上都优于 Xenium 5K。奥智的拼片模式进一步抹平了 Xenium 最后的“小样本便宜”优势。

Xenium 5K 我们继续服务好存量客户。已经上车的课题组，我们保证流程不断、支持到位。但如果你是第一次做原位空间组学，或者在犹豫“等不等 Atera”——答案是：等，而且值得等。

Q3: 我的 FFPE 蜡块放了 5 年了，还能做吗？

客户原声：“我手上有 2018-2023 年的蜡块，随访数据很全，但放了好几年了，RNA 会不会已经降解到没法用了？”

A: 奥智的回答：

这个问题我们被问得非常多。先给结论：大概率能做，但有几个关键前提需要你知道。

（1）Atera 支持 FFPE 和 FF（新鲜冷冻）两种样本类型，但我们建议你优先准备 FFPE 样本。

原因不是 FFPE 更好，而是出于拼片效率的考虑。奥智的拼片模式是将多个样本（可能来源不同的客户）拼在同一张玻片上。但同一张玻片上不能混用 FFPE 和 FF 样本——因为两者的前处理和试剂体系不同。

在实际项目中，90% 以上的客户提供的都是 FFPE 样本（医院病理科的蜡块库）。如果你的样本也是 FFPE，就可以和其他客户的 FFPE 样本拼在一起，排机速度快、成本也更低。如果你提供的是 FF 样本，要么单独凑一批 FF 样本才能开机，要么自己包一张整玻片——成本和时间都会增加。

所以，除非你的课题必须用新鲜冷冻样本，否则我们建议优先准备 FFPE。

（2）FFPE 样本能不能做，关键看一个指标：DV200。

DV200 衡量的是样本中 200 bp 以上 RNA 片段的比例。这是我们评估 FFPE 样本质量的黄金标准：

• DV200 ≥ 50%：理想状态，Atera 和 Xenium 都能出高质量数据。

• DV200 30%-50%：可用，但低丰度基因的检出可能会受影响。

• DV200 < 30%：不建议上机，数据质量风险较大。

保存年限不是绝对的。我们见过保存 8 年但 DV200 仍有 40% 的蜡块，也见过保存 2 年但 DV200 只有 20% 的。唯一可靠的办法是先做质检。当然，如果在样本可选择的前提下，我们依旧推荐检测保存年限更短的样本。

（3）但我们需要坦诚地告诉你：即使 DV200 合格，仍然存在检测效果不佳的风险。

为什么？DV200 = RNA 片段中 ≥200 nt 占比（相对比例，不是绝对量）。它的盲区有两个，FFPE 场景下第二个尤其致命：

盲区①：DV200 高 ≠ 总量够​

比如样本里原本 10 ng/μl 总 RNA，DV200=80%；降解后剩 2 ng/μl，DV200 仍可能 75%——比例没塌，绝对量塌了。而空间原位检测（无论是 Atera 的 probe hybridization 还是 Xenium/Visium）对起始 RNA 绝对拷贝数是敏感的，总量不够 = 低表达基因直接掉光，只剩高丰度 housekeeping 在那儿撑场面。

盲区②：FFPE 的“甲醛交联残留 + 蛋白酶透化不均”DV200 测不出来​

DV200 测的是提取出来的 RNA 在 BioAnalyzer 上的片段分布——但提取过程本身会用蛋白酶 K / 加热把交联打断一部分，测出来“还行”。真正上玻片做原位杂交时，组织里还有多少交联没打开、探针能不能渗进去、透化是不是局部过度——这些 DV200 一律不反映。

结果就是：QC 报告 DV200=70% 过了线，上机后整张片子 signal-to-noise 崩、基因检出数只有同批次其他样本的 30–40%。

所以我们有一个务实的建议：

在奥智的拼片模式下，我们建议客户多准备 10%-20% 的冗余样本。比如你客户设计需要 50 例数据，但建议上机检测 55-60 块蜡块。最终数据交付时，如果有部分样本因 RNA 质量问题被剔除，你依然有足够的有效样本完成统计分析，不影响整体课题推进。

这 10%-20% 的冗余不是浪费——它是你课题的安全垫。与其等到数据出来后发现有几例不合格、需要重新补样补跑，不如一开始就多备几块，一步到位。

奥智的结论：

不确定你的蜡块能不能用？把样本寄送给我们，提前做  DV200与切片染色评估。结果出来后，我们会告诉你：

• 这批样本的整体质量如何

• 有多少比例适合上机

• 你需要准备多少冗余样本

     纯粹是想帮你把风险降到最低，确保你的课题一旦启动，就能顺利走完。

 Q4: 一张玻片 5cm²，我一个人用不完怎么办？

客户原声：“Atera 一张玻片 5cm²，我的样本只有5块蜡块，根本用不完也用不起。”

A: 奥智的分析：

奥智的拼片模式：我们收样后，会将多个客户的样本拼在同一张玻片上。你只需要按实际使用面积的比例付费，不需要承担整张玻片的费用。好处：

① 降低单客户的使用门槛——小样本也能用 Atera。

②  摊薄成本——拼得越多，单样本成本越低。

③ 加快排机速度——拼满一张玻片就开机，不用等单一客户攒够样本。

适用场景：无论是 5 块蜡块的小课题，还是 200 例的大队列，都可以通过拼片找到适合自己的方案。

奥智的结论：

不用担心用不完。奥智的拼片模式让你按需付费，小样本也能用上 Atera。如果你有大样本，拼片后成本优势更明显。

Q4: Atera 全转录组跑出来 18,000 基因，数据怎么分析？

客户原声：“18,000 基因 × 数百万细胞，这么大的数据量，我拿到手之后该怎么办？我团队里没有人会分析空间组学数据。”

A: 奥智的分析：

Atera 数据的特殊性：不同于 Visium HD（测序数据）和 Xenium（靶向数据），Atera 是全转录组原位成像数据，分析流程涉及：

• 图像预处理与 spot 分割• 探针基因定量

• 空间可变基因识别

• 细胞邻域分析与空间互作

• 与 scRNA / Visium HD 数据的多组学联动

奥智能提供的：

• 生信团队支持：从数据质控到高级分析（如空间轨迹推断、配体-受体分析），全程可交付。

 • 多组学联动：如果你已有 scRNA 或 Visium HD 数据，我们可以帮你做整合分析。

奥智的结论：Atera 的上机只是第一步，数据分析才是真正的价值所在。奥智不仅有检测平台，还有分析团队和工具，能把数据变成你可以直接写进文章里的结果。